Pharmacognosie vient du grec "gnosis" signifiant connaissance et "pharmakon" qui se traduit par médicament ou remède.

La pharmacognosie est donc une discipline s'intéressant à l'étude de remèdes d'origine minérale, végétale ou animale. De nos jours, l'utilisation de médicaments issus de produits animaux est en diminution, en raison des risques sanitaires et les substances indispensables à l'homme, comme l'insuline, sont désormais synthétisées par les biotechnologies. La consommation de substances minérales (kaolin, talc, hydroxydes d'alumine...) sous forme de médicaments reste stable mais relativement limitée. En revanche, la part de médicaments issus de produits végétaux est en constante hausse, renforcée par un effet de mode, peut-être plus durable qu'on n'aurait pu le supposer initialement, pour l'utilisation de molécules assurant une prévention de la santé, ou favorisant le développement aussi bien physique qu'intellectuel.

Les nombreux compléments alimentaires (on parle aujourd'hui volontiers d'"alicaments") rencontrent dans cet optique un franc succès. La frontière entre compléments alimentaires et médicaments à base de plantes devient par ailleurs plus complexe à déterminer et le rôle de la pharmacognosie est donc de fournir des réponses scientifiques à cette question.

On peut ainsi définir la pharmacognosie comme étant une discipline fondée sur la connaissance scientifique fondamentale et appliquée des matières premières et des substances naturelles de notre environnement qui ont été sélectionnées au cours des siècles pour la thérapeutique ou qui ont fait leurs preuves cliniques dans la médecine actuelle.
Elle s'intéresse particulièrement aux points suivants :
- Dénomination internationale des matières premières
- Biosynthèse des molécules
- Structures chimiques
- Contrôles de qualité
- Propriétés pharmacologiques et toxicologiques
- Applications en médecine humaine et médicaments qui en dérivent.

Cette science trouve ses origines dans les utilisations empiriques ancestrales mais aussi dans la biodiversité actuelle de notre environnement. Elle évolue actuellement vers la pharmacochimie des molécules, qui cherche à mettre en exergue les interactions entre les molécules présentes dans une plante et les récepteurs humains, ainsi que l'aspect des liaisons entre leurs structures tridimensionnelles.
L'observation clinique est indissociable des médecines dites "traditionnelles". Les résultats de ces observations, affinés par certaines données obtenues expérimentalement, donnèrent naissance à diverses pharmacopées traditionnelles, spécifiques à chaque région ou pays, selon les plantes disponibles dans l'environnement et en fonction des traditions d'utilisations populaires.

On distingue deux types de plantes utilisées en thérapeutique :

• Des plantes dont les constituants actifs sont parfaitement définis
    Il s'agit alors généralement de matières premières utilisées pour l'extraction industrielle de substances naturelles pures, destinées le plus souvent à des indications thérapeutiques essentielles.
    Parmi ces molécules, on trouve :
    - la morphine, extraite du pavot et de l'opium, à l'origine des analgésiques centraux de synthèse
    - la cocaïne, issue de la coca, qui a donné la série des anesthésiques locaux
    - la coumarine du mélilot qui a permis la naissance des anticoagulants de synthèse
    - la quinine du quinquina, l'un des premiers antimalariques
    - mais aussi l'éphédrine, la réserpine, la théophylline, l'atropine, l'émétine, la digoxine, la digitaline, l'ergotamine...
    Ces molécules sont en général dotées d'activités thérapeutiques élevées et ne sont le plus souvent délivrées que sur prescription médicale.

• Des plantes médicinales de longue tradition d'utilisation pour des indications mineures
    Elles sont utilisées pour des pathologies de moindre gravité mais qui peuvent rendre la vie difficile.
    Elles interviennent en outre dans la composition de produits de bien être ou de médications familiales et sont le plus souvent disponibles sans ordonnance ou sur conseil du pharmacien d'officine. Ce sont ces plantes qui représentent ce que l'on appelle communément la phytothérapie.