L'aromathérapie n'est pas du tout une méthode douce. Elle fait usage d'extraits super-concentrés qui peuvent occasionner une série d'effets secondaires s'il ne sont pas utilisés à bon escient par des personnes capables d'en maîtriser les propriétés et les toxicités.

Globalement on peut être confronté aux mêmes effets secondaires que ceux rencontrés suite à l'application de produits pharmaceutiques de synthèse : nausées, vomissement, diarrhée ou constipation, relents gastriques, ulcères gastriques.
Il faut savoir également que l'ingestion de fortes doses (supérieures à 500 mg / jour) de composés aromatiques phénolés sur une longue période (supérieure à 20 jours) peut créer un engorgement et une surcharge hépatique. Dès lors le thérapeute averti sait que les phénols aromatiques se prennent soit à haute dose durant maximum 7 jours ou à faible dose (moins de 200 mg / jour) durant maximum 20 jours, suivis d'une fenêtre thérapeutique d'une semaine entre les cures.
Nous avons en outre déjà évoqué les propriétés neurotoxiques et abortives des huiles essentielles riches en cétones terpéniques (hysope, thuja, sauge, ..). Ces huiles essentielles particulièrement délicates à utiliser sont par ailleurs réservées à l'usage exclusif de la pharmacie et ne peuvent théoriquement pas se trouver en vente libre.

Il faut également évoquer les dangers de photosensibilisation consécutifs à l'application cutanée - voire selon certains l'ingestion - d'essences aromatiques et d'huiles essentielles contenant des furocoumarines juste avant ou pendant une exposition au soleil. Ceci pourrait engendrer chez certains des réactions érythémateuses et même favoriser la carcinogenèse. Ce sont surtout les essences de zestes de Citrus (mandarine, citron, pamplemousse, orange douce, …) qui sont à l'origine de ce type de photosensibilisation.

Certaines huiles essentielles sont dermocaustiques et ne peuvent s'appliquer sur la peau qu'à haute dilution (10, 5, 2%, voire moins !), sous peine d'occasionner des lésions parfois importantes (brûlures, …). Certaines personnes développent des allergies aux huiles essentielles (eczéma, oedèmes cutanés, ….) et se voient donc contraintes à ne plus envisager de profiter des nombreux bienfaits des huiles essentielles suite à leur hypersensibilité.

Enfin, sachez qu'il est formellement interdit d'appliquer des huiles essentielles, même diluées, dans le conduit auditif, dans les yeux et dans les narines, et ce quel que soit l'âge ou le sexe.